20世纪90年代初，华东师范大学明确“正确定位，办出师范特色”的办学思想，提出走师范性与学术性相统一的道路。1995年，学校第九次党代会提出今后的工作任务是努力探索学校综合改革新路，把学校建设成为国内领先、国际有影响的社会主义师范大学。学校进入“211工程”国家重点建设大学行列。通过与上海市项目共建，实现部市共建共管、以上海为主的新体制。推进职前职后一体化的教师教育新体系构建，从单项改革走向更高层次的综合改革。
改革校内管理体制。1993年初，学校开始实行校、院、系三级管理、以院为实体的管理体制，并以学院为单位开展专业、学科建设和改造，人员定编，工资总额动态包干，专业技术职务评审、聘任，实验室建设和各项经费管理等工作。陆续建立了国际商学院、理工学院、文学与艺术学院、外语学院、环境与资源科学院、人文学院、化学与生命科学学院和教育科学与技术学院等八大实体学院。
改革教学管理制度。从1993年开始，学校改学年学分制为学分制，打破专业限制，拓宽学生知识面，全面推广并逐步扩大主辅修制。加强特色与主干课程的建设，完善教材的配套改革，选出六门课程作为学校首批特色课程立项建设。设立大学生科研基金，设立教学改革基金，加强教师队伍建设，实施“百人工程”，使各学科的人员梯队渐趋合理。学校实施院士工程，1999年6月引进中国工程院院士乔登江到物理系工作。同年12月，陈吉余教授当选中国工程院院士，成为学校第一位当选院士的教师。继1995年国家教委批准中文、历史系为国家文科基础学科人才培养与科学研究基地之后，又批准设立数学、心理学、地理学三个理科基础学科人才培养与科学研究基地。同时生态学、教育学、世界历史、世界经济学被确认为上海市的重点学科。
改革招生、毕业分配制度。学校实行自主招生和非师范专业缴费上学的改革，实行毕业分配“中期改革”方案，较好地完成国家下达计划的毕业生分配工作。在改革科研工作运行机制方面，学校提高科研专职编制的浮动比例，实行有偿使用专职科研编制；加强科研经费的宏观管理，调整科研经费分配办法，鼓励科研人员多接课题。在改革后勤管理方面，学校对部分服务部门进行招标承包，转换经营机制，完善承包责任制,提高经济效益。学校多规格、多层次、多渠道办学，教育管理学院扩展培训领域，与香港有关方面合作，联合举办多期香港中学校长培训班。成人教育拓展凯发旗舰厅官网的业务范围，1993年学校建立全国第一个“成人教育”硕士点。高师师资培训形成新特色，建立普通教育研究中心和一批普通教育研究基地，遍布上海多个区县。学校转换办学机制，与上海市有关企事业单位实行项目共建，合作办学。建立东方房地产学院、远东国际金融学院、阶梯学院、长江流域发展研究院、华夏学院、工商管理学院、华茂学院、银行学院等。
1996年4月25日，我校通过教育部“211过程”部门预审，成为“211工程”建设高校
1996年，学校参与上海市师范结构调整。1997年9月，上海幼儿师范高等专科学校并入，成立学前与特殊教育学院。1998年9月，上海教育学院、上海第二教育学院并入之后，组建继续教育学院和职业技术学院，开始构建职前职后一体化的教师教育新体系。
1996年4月，学校通过国家“211工程”预审，1997年5月20日，国家教委和上海市政府决定共建华东师范大学。至20世纪末，学校已有11个实体学院和若干非实体学院，学校在职教工4500余人，在校生近33000人，校园面积近1200亩。
